特殊車両通行許可を受けるには道路管理者に対して申請を行う必要があります。
道路管理者とは、道路法の規定によって道路法上の道路を管理する者を指し、国土交通大臣、都道府県（知事）、市町村（長）のいずれかになります。
主に国道は国土交通大臣、都道府県道は都道府県知事、市長村道は市町村長といった具合の管轄体系になります。
申請する経路に管轄する道路が含まれる場合は該当の道路管理者の元へ申請が可能です。
極端に短い経などを除いて、基本的には皆さんが申請する経路は国道を通るものになると思いますので、多くの場合申請先は国土交通大臣になります。
とは言っても、直接国土交通大臣に申請書を持っていってもビックリされちゃうだけですので、おやめください。
我々が申請するのは、国土交通省が管轄する地方整備局の窓口である国道事務所です。
因みに極端な話をすると、国道は最終的には国土交通大臣（国）の管理なので
例えば埼玉県の国道（直轄国道に限る）を少し通行するだけの経路で特殊車両通行許可を申請する場合に、窓口として東京都や群馬県、青森県なんかの国道事務所に申請をしても大丈夫です。
では、長くなりましたが以下全国の国道事務所一覧です。